水溶性肥料的施用方法不仅多样，而且灵活。一般有三种方式：

土壤浇水，通过土壤浇水或灌溉时，先将其混入灌溉水中，使植物的根系与肥料接触，通过根系的呼吸将化学养分输送到植物的各种组织中。

滴灌、喷灌、无土栽培，在一些极度缺水地区，大规模的农场和高附加值的优质经济作物中，人们经常采用滴灌、喷灌和无土栽培技术来节约灌溉用水，提高劳动生产率。灌溉时，肥料已经溶解在水中，浇水也是施肥的过程，即水肥合一。此时植物所需的养分可以通过水溶性肥料获得，既节水、省肥，又能提高劳动效率。

叶面施肥，将水溶性肥料稀释后溶于水叶面喷洒，或与非碱性农药一起溶于水叶面喷洒，通过叶片表面气孔进入植株。对于一些幼嫩植株或根系较差的作物，是纠正缺乏症的一种选择，极大地提高了肥料的吸收利用效率，节省了植物养分在植株内部的运输。

少量多次是合理施用水溶性肥料的一个重要原则。少量重复施肥符合植物根系持续吸收养分的特点，也可以减少一次性大规模施肥造成的损失。